佛与众生，心体是一。而他们的受用，却有天渊之别，这是佛与众生，用心不同所导致的。佛陀则唯以无缘大慈，同体大悲，度脱众生为本怀，丝毫没有一点人我、彼此分别的心。纵然度尽一切众生，也不见能度所度之相。所以得到福慧具足，为世间尊。
众生则只是把自私自利当作第一要务，虽然是父母兄弟这样的亲人，尚且不能够做到没有人我彼此之分别相，何况其他的人，世间的人呢？所以众生所感的业报，有的生到贫穷下贱处，有的甚至堕入三途恶道中。
即使是让这些众生以持戒、修善、禅定等来自我修行，得以生到人天乐处。但是因为没有大悲心，不能够直接契入菩提。以致福报一旦享尽，仍旧会堕落，能不令人悲哀吗？
所以只想着要利益他人的，却正好成就了他的自利。而只想着要自利的，却恰恰害了自己啊！《药师如来本愿经》，是我本师释迦世尊，愍念娑婆世界一切罪苦众生，为我们宣说药师如来，因地中、果地上利益众生之事，实在是究竟离苦得乐的无上妙法啊。
众生果真能够发起慈悲喜舍的大菩提心，受持这部经，执持药师咒，以及药师佛的名号。推究其中的功效，尚且可以豁然破除无明，圆满成就佛道。何况其余种种的果位，种种的福乐呢？
然而在佛陀的本心，固然想要以无上觉道，全体付授给一切众生。然而众生的智慧有浅有深，所以不得不随顺众生的喜好，令他们所求各各如愿。
必须知道《药师如来本愿经》，以及药师佛号，药师神咒，就是释迦本师、药师如来，所得的阿耨多罗三藐三菩提法。凡是至诚受持的人，就是以佛陀的庄严而让自我庄严啊！
所以玉琳通琇国师，常受持这部经，以及药师佛号，因为这是禅、教、律、净的总持法门。所以受持这部经以及佛号咒语的人，或者生到东方净琉璃世界，或者生到极乐世界。
等到豁然破除凡情，圆满成就圣智，那么就直接契入常寂光土，东方西方都泯灭了。而又东方西方，历然分明，随愿往生。就与阿弥陀佛、药师如来，同归秘密藏。是名诸佛甚深行处。
圣聪大师，以心安和尚手写经本，刻板流通。想要使受持的人，发起正信，祈望有一个简洁明了的告示。又者，这部经是唐朝玄奘法师所翻译的。其中八大菩萨，只是举出了标题，没有标出名号。药师如来宣说神咒的一段（指药师灌顶真言），又缺略了。
后来的善知识，想要使经义完整，所以依据《七佛本愿经》，添入了说咒这一段经文，一共有四百二十八个字。依《佛说大灌顶神咒经卷第十二》，增添了八大菩萨的名号。因为这三部经，原本就是同一部经的缘故。
我们要知道在过去是用贝叶写经，只能由佛弟子用手亲自抄写，或许会有遗漏亡失的情形，所以导致译文完整、缺漏互有差异。后人添入，非常契合佛心。所以诸家注释的人，都以此本为宗。恐怕后人用大藏经的本子来对校，（发现有所不同）以致使生起疑虑。所以一并写入缘起，以庆幸经文的完璧无缺。（宣说神咒一段，是从说咒前，“复次，曼殊室利”起一直到“所求愿满乃至菩提”为止。）
